При сборе необходимо помнить, что можно спутать с казацким можжевельником, который ядовит. Отличие — у плодов можжевельника обыкновенного имеется три косточки, у казацкого — две, цвет плодов черно-бурый, у казацкого черно-синий с восковидным налетом. Листья у можжевельника обыкновенного игольчатые, а у казацкого плоские, прижатые.

В плодах обнаружено эфирное масло, уксусная, яблочная и муравьиная кислоты, сахара, главным образом глюкоза, фруктоза; пектиновые, горькие, смолистые вещества: флавоновый гликозид, воск, спирт инозит, желтый пигмент.

Эфирное масло в пищеварительном тракте, раздражая слизистые оболочки, вызывает усиление перистальтики, при этом усиливается секреция бронхиальных желез: разжижается мокрота, что способствует ее лучшему отделению. Эфирное масло выделяется преимущественно через почки, умеренно раздражая их, увеличивает диурез. В больших дозах эфирное масло вызывает раздражение почек и уменьшает секрецию бронхиальных желез. Кроме того, действует противомикробно.

Применяются ягоды можжевельника в качестве мочегонного, дезинфицирующего мочевые пути (при болезнях почек, камнях и песке в почках, при болезнях печени), а также отхаркивающего и улучшающего пищеварение средства. Необходимо учитывать раздражающее действие ягод паренхимы почек, поэтому при острых нефритах они противопоказаны. Назначают под контролем врача.

Наружно можжевеловое масло используется при ревматических болях в суставах и мышцах, в виде втирания.

Н. Г. Ковалева применяет в малых дозах можжевеловые ягоды как дезинфицирующее, диуретическое средство при почечно- и желчекаменной болезни, а также при анемии.
Плоды используют при болезнях почек, мочевого пузыря, при почечно-каменной болезни, при заболеваниях печени, воспалении придатков, труб, ревматизме; сырые ягоды едят при язве желудка. Сок из шишек пьют при болях в животе, ягоды — мочегонное и укрепляющее желудок средство; эфирное масло из незрелых шишко-ягод — от чесотки; корневую древесину — против венерических болезней; шишко-ягоды от отеков.

Настой готовят из расчета 1:20 и принимают по 1 столовой ложке 3—4 раза в день. Отвар: 1 столовая ложка обливается 2 стаканами кипятка, кипятить еще 20 минут, процедить. Принимать по 1 столовой ложке 3 раза в день.

Для возбуждения аппетита и улучшения пищеварения готовят отвар из расчета 50 г сухих шишко-ягод на стакан воды, процеживают, добавляют мед или сахар до получения сиропообразной консистенции.

Носаль рекомендует при всех видах заболевания почек применять можжевеловые ягоды в малых дозах: отвар ягод — 5 г на 1 л воды. Наружно из отвара ягод и веток с деревом (мелконарубленным) делают ванны при ревматических болях.

При инфекционных заболеваниях производить дезинфекцию помещения, в котором находится больной, для чего ветки сжигаются на углях.

Наружно, для втираний применяют спиртовую настойку из можжевельника при ревматических болях с опухлостью.

В народной медицине Сибири масло из ягод можжевельника применяют для втираний при параличе конечностей, невралгиях, подагре. Настойка из ягод — при заболеваниях мочеполовой сферы, отвар — при цинге, настойка из коры и корней — при артритах, а отвар коры пьют как возбуждающее при половом бессилии. Ветви и ягоды используются при водянке, лихорадке и нервных заболеваниях. Водный отвар и спиртовую настойку корней используют при туберкулезе, бронхите, кожных заболеваниях.